Umlagerungsaufträge, die nicht mehr durchgeführt werden sollen, können storniert werden. Hierfür wird der Befehl Stornieren verwendet. Ein Umlagerungsauftrag kann storniert werden, bis die Entnahmeliste erstellt wurde. Geplante Umlagerungsaufträge können nicht storniert werden, sondern werden gelöscht.
Wenn ein Auftrag storniert worden ist, erhält er den Status „Storniert“ und es können keine weiteren Transaktionen durchgeführt werden. Stornierungsgründe können zum Zeitpunkt der Stornierung eingegeben werden.